Achei em um site a seguinte explicação:
A maioria das bebidas alcoólicas possui aditivos. Alguns deles são óleos aromáticos que, além de irritarem o estômago, chegam ao cérebro, podendo provocar dor de cabeça.
O que eu sei é que cachaça o que leva a dor de cabeça é a má destilação, quando existe "cabeça" e "rabo" ou seja metanol e butanol, sendo que a bebida deve ser em quase sua totalidade de etanol. Pode ser que na fermentação as "presas" das macro ocorre alguma produção de compostos que levam a dor de cabeça, já que não passam por nenhum ou curtos tempos de maturação, exemplo disso é um enxofre encontrado.